Hermann Fischer absolvierte das Studium der Rechtswissenschaften an den Universitäten Göttingen und Heidelberg. Das Zweite Staatsexamen legte er 1974 vor dem Justizprüfungsamt in Hannover ab.

Von 1974 bis 1979 war er als Justiziar und Dezernatsleiter an der Pädagogischen Hochschule Rheinland mit Sitz in Köln tätig. In den Jahren 1979 bis 1981 arbeitete er als Referent im Ministerium für Wissenschaft und Forschung des Landes Nordrhein-Westfalen, bevor er 1981 auf die Stelle des Kanzlers der Hochschule Hildesheim wechselte. Im Jahr 1985 übernahm er die Funktion des Kanzlers an der Universität der Bundeswehr Hamburg. Von 1990 bis 1993 fungierte er als Abteilungspräsident bei der Wehrbereichsverwaltung I in Kiel. Als ihn das Angebot erreichte, die Abteilung für Hochschulen, Wissenschaft und Forschung im Kultusministerium des Landes Mecklenburg-Vorpommern zu übernehmen, folgte er diesem Ruf und ging nach Schwerin. Bis zu seiner Pensionierung im Jahr 2008 leitete er dort nacheinander die Hochschulabteilung, sodann die Allgemeine Abteilung und schließlich wieder die Hochschulabteilung. Im Januar 2003 wurde Hermann Fischer zum Stellvertretenden Staatssekretär ernannt.

Seit 2009 ist Hermann Fischer als Projektmanager bei der FIBAA im Rahmen der Akkreditierung von Bachelor- und Masterstudiengängen an staatlichen und staatlich anerkannten Hochschulen in privater Trägerschaft tätig.